Neben einer lückenlosen Abdeckung Thüringens mit geologischen Karten im Maßstab 1:25,000 (GK25) sowie weitgehender Abdeckung angrenzender Gebiete Deutschlands in unterschiedlichen Maßstäben (GK 1:25,000, GÜK 1:200,000) verfügt die Sammlung auch über zahlreiche Kartenwerke aus ganz Europa und weiterer Erdteile. Sammlungsschwerpunkte sind des Weiteren die Alpen, Osteuropa und hier insbesondere die Balkan-Halbinsel (ehemaliges Jugoslawien, Albanien, Bulgarien, Griechenland). So liegt zum Beispiel ein vollständiger Satz geologischer Karten aller Teilrepubliken des ehemaligen Jugoslawien im Maßstab 1:100,000 vor.
Die Kartensammlung beherbergt außerdem zahlreiche Originalberichte und -karten geologischer Expeditionen in außereuropäische Gebiete aus den 1960-80er Jahren, die für die ehemalige Abteilung Praktische Geologie Jena (ursprünglich Abteilung des Instituts für Geotektonik Berlin, ab 1969 Teil des Zentralinstituts für die Physik der Erde) angefertigt wurden, sowie Berichte der Akademie der Wissenschaften zu Berlin/der DDR.
Seit 2020 ist die Kartensammlung des Instituts für Geowissenschaften in die Sammlungen der Friedrich-Schiller-Universität JenaExterner Link integriert.